可能です。手順は下記のとおりです。
  SCR（簡易貨物情報登録）業務→HFC（本船･ふ中扱い承認申請）業務※
    →IDA（輸入申告事項登録）→IDC（輸入申告）
※マニュアルで本船扱いを申請した場合であっても、税関にてPAI（許可・承認等情報登録（輸入通関））業務の「MHI：本船・ふ中扱い承認(輸入)」を登録することにより、上記フローが可能となります。